生物系研究者のための Intel Mac セットアップ

ぜんさい

材料

Mac mini (1.66GHz Intel Core Duo, 2GB Memory, 80GB Hard Disk)
Mac OS 10.4.7, Darwin 8.7.1

買ってきたばっかりの状態では、X11がインストールされていません。X11環境がまったく要らない、という人はインストールする必要はありませんが、X11ってなに？という人はとりあえずインストールしておきましょう。インストールDVDの中にある「Optional Installs」を使って、アプリケーションのX11にチェックしてインストールします。

以前、X11をインストールするにはOSを再インストールしなくてはいけません、と書いてましたが、上記の方法でOSの再インストールをすることなく、X11のみをインストールできます。情報を提供してくださいましたnbcさん、ありがとうございます。

XCodeのインストール

開発環境がないと、FinkのソースディストリビューションやUnix系のツールをソースからビルドできないので、インストールしておきます。XCodeはインストールDVDから単独でインストールできます。

ソフトウェアアップデート

システム環境設定のソフトウェアアップデートを実行します。アップデートファイルは数百MBにもなるので、ネットワーク環境によっては一晩かかる作業になります。気長に待ちましょう。

めいん

Finkのインストール

FinkのホームページからIntel用のバイナリインストーラ (2006年8月6日現在、Fink 0.8.1) をダウンロートします。 Fink 0.8.1-Intel Installer.pkgをダブルクリックして、Finkをインストールします。.profileを作るけど良いか？と聞いてきますので、OKを押します。ターミナルを開いて、

$ which fink
/sw/bin/fink

と表示されたらOKです。
*2006年8月8日現在、/sw/etc/fink.confのTreeにunstable/main unstable/cryptoは追加しない方が良いです。

wgetのインストール

curlでも良いのですが、個人的にはwgetが使い慣れているのでwgetを導入します。

$ fink install wget
Password: xxxxxx

途中、必要なパッケージをインストールするかどうか、を聞いてきますので、リターンを押します (Yesとの返事)。

EMBOSSのインストールと設定

1. インストール

2006年8月8日現在、stable packageは3.0.0-102です。unstable packageに4.0.0-2がありますが、Finkからはちゃんとインストールできません。

$ fink install emboss
Password: xxxxxx

途中、必要なパッケージをインストールするかどうか、を聞いてきますので、リターンを押します (Yesとの返事)。

2. .embossrcファイルの作成

ホームディレクトリ「/Users/foo/」に「.embossrc」ファイルを作成する。

$ vi .embossrc

# EMBOSSの設定
# 自前のデータベースは「/Users/foo/db/emboss」に構築する

set emboss_acdroot /sw/share/EMBOSS/acd
set emboss_db_dir /Users/foo/db/emboss
set emboss_STDOUT 1

# Databaseの設定
# GenbankのデータをIDで使えるようにしておく

# Genbank 核酸配列データベース
DB genbank_nt [
    method: "url"
    format: "genbank"
    type: "N"
    # url は１行で書く
    url: "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?
      db=nucleotide&rettype=gb&retmode=text&id=%s"
    comment: "Genbank nucleotide DB by Genbank ID"
]

# Genbank アミノ酸配列データベース
DB genbank_aa [
    method: "url"
    format: "genbank"
    type: "P"
    # url は１行で書く
    url: "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?
      db=protein&rettype=gp&retmode=text&id=%s"
    comment: "Genbank peptide DB by Genbank ID"
]

# 自前の核酸配列データベースの設定例
# Genbank形式 (拡張子gb) のファイルを
#     「~/db/emboss/nucleotide/」に格納する
# 配列の呼出は「nucleotide:file-name」となる
#
# DB nucleotide [
#     method: emblcd
#     format: genbank
#     type: N
#     file: "*.gb"
#     dir: #emboss_db_dir/nucleotide
# ]

3. REBASEの設定

$ ftp ftp.neb.com
ftp> cd pub/rebase
ftp> get withrefm.###
ftp> get proto.###
ftp> bye
$ sudo mv *.### /sw/share/EMBOSS/data/REBASE/
$ sudo rebaseextract -infile /sw/share/EMBOSS/data/REBASE/withrefm.### -protofile /sw/share/EMBOSS/data/REBASE/proto.###

4. PROSITEの設定

$ ftp ftp.expasy.org
ftp> cd databases/prosite/release_with_updates
ftp> get prosite.dat
ftp> get prosite.doc
ftp> bye
$ sudo mv prosite.* /sw/share/EMBOSS/data/PROSITE
$ sudo prosextract /sw/share/EMBOSS/data/PROSITE

5. Primer3のインストール

EMBOSSのeprimer3を使ってPCRプライマーを設計するためには、Primer3をインストールする必要があります。Primer3はFinkにないので、自分でコンパイルする必要があります。コンパイルは「/Users/foo/tmp/」フォルダで、コンパイル後のプログラムは「/Users/foo/bin/」に入れます。

$ mkdir ~/tmp
$ mkdir ~/bin
$ cd ~/tmp
$ wget http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_1.0.0.tar.gz
$ tar xvf primer3_1.0.0.tar.gz
$ cd primer3_1.0.0/src

コンパイルするには「Makefile」を少し修正する必要があります。

$ vi + Makefile

57行目の'static'を削除。

line 57 : LIBOPTS =

$ make primer3_core
$ make ntdpal
$ cp primer3_core ~/bin
$ cp ntdpal ~/bin
$ ln primer3_core primer3

「/Users/foo/.bashrc」を編集してパスを通します。

$ vi .bashrc

source /sw/bin/init.sh
PATH=$PATH:$HOME/bin:/usr/local/bin

blastのインストール

1. インストール

Finderの移動から「サーバへ接続」を選んで、サーバアドレスに「ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast」と入力して接続を押します。接続できたら、「executables」「LATEST」とたどって、「blast-2.2.14-universal-macosx.tar.gz (2006年8月19日現在、2.2.14でした)」を「foo/tmp」フォルダにダウンロードします。ダウンロードしたファイルをダブルクリックすると解凍されて「blast-2.2.14」フォルダができるので、「blast-2.2.14/bin/」の中身を全部「foo/bin/」へコピーします。「foo/bin/blast」フォルダを作って、「foo/tmp/blast/data/」フォルダを「foo/bin/blast/」へコピーします。

2. 設定ファイルの作成

$ vi .ncbirc

[NCBI]
Data=/Users/foo/bin/blast/data

3. データベースの作成

データベースは「foo/db/blast/」フォルダ以下に作成することとします。NCBIのFTPサイトには「blast/db」ディレクトリ以下に整形済みのデータベースファイルがあるので、それで用が足りる人は、適当なファイルをダウンロードして「foo/db/blast/」にコピーすればできあがりです。でも、自分だけのデータベースが欲しい、と言う人のために、Multifasta形式のファイルからデータベースを作成する方法を書いておきます。ここではNCBIのftpサイト「blast/db/FASTA/」にある大腸菌の配列「ecoli.aa.gz (アミノ酸配列)」と「ecoli.nt.gz (核酸配列)」を例にします。両方の配列を「foo/db/blast/」フォルダにダウンロードした後、解凍します。

$ cd ~/db/blast/
$ formatdb -i ecoli.nt -n ecoli.nt -o T -p F
$ formatdb -i ecoli.aa -n ecoli.aa -o T -p T

「formatdb -i ファイル名 -n データベース名 -o [T/F] -p [T/F]」という書式です。-n オプションのデータベース名は適当で良いですが、簡単に覚えられるものが良いでしょう。 -o オプションはインデックスを作成する (T) かしない (F) かの選択です。-p オプションはデータがアミノ酸 (T) か核酸 (F) を指定します。他のオプションについては「formatdb --help」を参照してください。

4. blastの実行

blastの書式は
「blastall -p プログラム名 -d 検索データベース名 -i クエリ配列ファイル名 -o 出力ファイル名 -e E-Value」
です。

ある配列 (hoge.aa or hoge.nt) でblastpやblastnを実行するには

$ blastall -p blastp -d ~/db/blast/ecoli.aa -i hoge.aa -o hoge-aa-result.txt -e 1e-10
$ blastall -p blastn -d ~/db/blast/ecoli.nt -i hoge.nt -o hoge-nt-result.txt -e 1e-10

とタイプするだけです。

MFOLDのインストール

RNAの二次構造予測ソフトとして有名なMFOLDですが、finkからダウンロードできるのは3.1までですし、Intel Mac対応にはなってません。なので、ソースコードからインストールすることになるんですが、MFOLDは主にFortranで書かれてますので、Fortranコンパイラからインストールすることになります。

1. g77コンパイラのインストール

High Performance Computing for Mac OS Xから、g77-intel-bin.tar.gzをダウンロードします。

$ cd "download folder"
$ sudo tar -xvf g77-bin.tar -C /

これで、/usr/local 以下にインストールされます。

2. mfold_utilのインストール

バージョン3.2以降、mfold_utilが必要となりました。 MFOLDのサイトから、mfold_util-3.3.tar.gz (かそれ以降のバージョン)をダウンロードします。

$ cd "download folder/mfold-util-3.3"
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

3. mfoldのインストール

MFOLDのサイトから、mfold-3.2.tar.gzをダウンロードします。

$ cd "download folder/mfold-3.2"
$ sudo make all
$ sudo make install

これで、一応動作するハズです。

4. mfoldの修正

PSファイルからpdfファイルを作ろうとするんですが、コマンド名が「ps2pdf」で書かれているので、「Command not found」になってしまいます。エイリアスを作る方法が簡単で汎用性もありますが、ここでは直接mfoldを修正する方法を書いておきます。

$ sudo vi /usr/local/bin/mfold

592行目のps2pdfをpstopdfに変更します。

line592: pstopdf

ついでに

X11の日本語環境設定

EMBOSSとかBLASTだけを使うなら、OSについてくるターミナルで十分なんですが、それだけだと、にわかUNIX使いみたいなので、恰好付けのためにも、X11で日本語が使える環境を設定しておきましょう。ここでは「canna + kinput2 + kterm」の組合せでやっています。

1. canna、kinput2のインストール

$ fink install canna
$ fink install cannadic
$ fink install kinput2

2. cannaの設定

$ cp /sw/share/canna/sample.canna ~/.canna
$ chmod +w ~/.canna
$ vi ~/.canna

26行目以降の「use-dictionary」を変更。"gcanna"と"gcannaf"を追加し、"iroha"をコメントアウトする。

line 26: (use-dictionary
line 27: "gcanna"
line 28: "gcannaf"
line 29: ;; "iroha"

頻度辞書を初期化

$ mkdic -fq gcanna

3. ktermのインストール

ソースコード (kterm-6.2.0.tar.gz) をダウンロードして、「tmp」フォルダに入れて解凍する。

$ cd ~/tmp/kterm-6.2.0
$ xmkmf -a; make
$ sudo make install
$ sudo make install.man

4. ktermの設定

$ vi ~/.Xresources

KTerm*scrollBar:   on
KTerm*saveline:    1000
KTerm*geometry:    90x40

5. .bashrcの編集

XMODIFIERSにkinput2を設定。lS出力のカラー化。ktermの漢字コード指定と-ximオプション。なぜか、X11環境ではちゃんとMANPATHが通っていないので、MANPATHの指定。

$ vi ~/.bashrc

source /sw/bin/init.sh

export XMODIFIERS="@im=kinput2"
export LSCOLORS=gxfxcxdxbxegedabagacad

PATH=$PATH:$HOME/bin:/usr/local/bin
MANPATH=$MANPATH:/usr/share/man

alias kterm='/usr/X11R6/bin/kterm -r -km euc -xim'
alias ls='/bin/ls -G'

6. xtermの起動設定

X11を起動したときにuxtermが自動的に起動します。この設定では、何故か (漢字コードをEUCでktermを使おうとするから？)、uxtermからktermを起動しても日本語入力ができません。xtermからktermを起動すると問題ないので、X11を起動したときにuxtermではなくてxtermが自動的に起動するように変更します。

$ sudo vi /sw/etc/xinitrc.d/73apps.sh

13行目から16行目のuxtermをxtermに、xtermをuxtermに変更してやります。

line 13: elif test -x "$x_bindir/xterm"; then
line 14: xinitrc_apps_termcmd="$x_bindir/xterm"
line 15: elif test -x "$x_bindir/uxterm"; then
line 16: xinitrc_apps_termcmd="$x_bindir/uxterm"

7. 動作確認

X11を起動して、xtermのウィンドウが開いたら「kterm &」とタイプします。ktermが起動するので、「Control + o」か「shift + space」を押してカーソルの下に[ あ ]と表示されれば、たぶんOK。viを起動して、日本語が入力できれば問題ないでしょう。

mewでPOP/SMTP over SSL

仕事で使ってるPowerBook G4では、Emacs + mewでメールの読み書きをしてます。で、メールサーバの環境が「APOP」から「POP over SSL」に変更になりました。gmailと同じです。メーラーをアップルの「Mail」に変更すればよいのですが、にわかUNIX使いらしく、「Emacs + mew」で使い続けることにしました。Mac OS XにはopenSSLが入っているので、追加で必要なのはStunnelとSSLの証明書だけ。

1. 証明書のインストール

証明書のインストールをしなくても、なんとかなるんですが、せっかくSSLを使うんですから、きちんと検証するのが良いかと…。で、ここから「ca-certificates_yyyymmdd.tar.gz」をダウンロードして、「~/.certs」にインストールします。

$ tar zxvf ca-certificates_yyyymmdd.tar.gz
$ cd ca-certificates-yyyymmdd/mozila/
$ make
$ mkdir ~/.certs
$ for f in *.crt
$ do cp $f ~/.certs/`openssl x509 -hash -noout -in $f`.0; done

で、この証明書を検証できるかどうか試してみます。

$ openssl s_client -connect pop.domain.com:995 -CApath ~/.certs/

   〜〜〜中略〜〜〜
   Key-Arg : None
   Start Time: 1233118756
   Timeout : 300 (sec)
   Verify return code: 0 (ok)
---
+OK Gpop ready for requests from 202.232.38.162 d24pf1907224and.27

と表示されたらＯＫ。

2. stunnelのインストール

ここからstunnel-4.xx.tar.gz（2009年1月29日では、4.26）をダウンロードします。

$ tar zxvf stunnel-4.26.tar.gz
$ cd stunnel-4.26/
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

途中で、国とか所属を聞いてきますけど、適当に入力すればＯＫです。

3. mew.elの変更

最後に、mewの設定ファイル「~/.mew.el」を変更します。

(setq mew-config-alist
'(
  ("POP/SMTP over SSL"
  ("user" . "hogehoge")
  ("mail-domain" . "mail.domain.com")
  ("pop-user" . "hogehoge@mail.domain.com")
  ("pop-ssl" . t)
  ("pop-ssl-port" . "995")
  ("prog-ssl" . "/usr/local/bin/stunnel")
  ("pop-auth" . pass)
  ("pop-server" . "pop.mail.domain.com")
  ("smtp-ssl" . t)
  ("smtp-ssl-port" . "465")
  ("smtp-server" . "smtp.mail.domain.com")
  ("ssl-verify-level" . 2)
  ("ssl-cert-directory" . "~/.certs")
)))

下から２行目を「("mew-ssl-verify-level" . 0)」とすると、証明書の検証に失敗しても、ちゃんとメールの送受信ができるそうですが、それでいいのか…

おまけ

コンピュータ名の編集

MacOS Xでは「山田太郎のコンピュータ」というようなコンピュータ名になっています。日本語の場合はこれでも良いのですが、他のPCからアクセスするときに「yamadataro-no-computer」では長すぎます。なので、もっと分かりやすく短いものに変えましょう。システム環境設定の共有を開くと「編集」ボタンがあります。そいつを押してやって、適当な名前 (ex. tyamada-PBG4) に変更します。こうしておくと、ファイル共有でサーバに接続するときも「afp://tyamada-PBG4」と入力するだけで済みます。

WebDAVサーバの設定

必ずしも必要な作業ではありません。iCalのカレンダーを共有するための作業です。ターミナルを開いて、以下の作業を行ってください。

1. 共有ディレクトリの作成

$ cd /Library/WebServer/Documents/
$ mkdir dav
$ sudo chown -R www:www dav
Password: xxxxxxx

2. ロックファイルの作成

$ cd /Library/WebServer/
$ mkdir lock
$ touch lock/DAVLock.dir
$ touch lock/DAVLock.pag
$ sudo chown -R www:www lock
Password: xxxxxxx

3. httpd.confの修正

$ sudo cp /etc/httpd/httpd.conf /etc/httpd/httpd.conf.bk
$ sudo vi + /etc/httpd/httpd.conf
Password: xxxxxxx